虽然规定了由审判人员主持交换证据，但没有明确是否由合议庭或其他审判人员主持。在司法实践中，争议较多，做法不一。一种观点认为，为防止证据交换预断法官，避免混淆准备行为与审判行为、审判准备程序与审判程序的界限，结合我国法院改革的趋势，应采取证据交换主审法官与审判法官相分离的原则，由立案庭法官或单独设立的书记员或助理法官主持证据交换。另一种观点认为，由立案庭法官或助理法官主持的证据交换，容易导致案件的庭前准备工作与审判工作脱节，限制了审判法官对全案的把握，因此应当由合议庭主持交换。这样有助于审判长熟悉证据，把握争议焦点，但同时也要禁止法官单独接触当事人。当事人交换证据只是为了查阅、辨认和掌握对方的证据，固定诉讼请求，为法庭质证和辩论做准备。法官主持证据交换的目的是澄清和固定双方当事人的诉讼请求和争议，而不是在开庭前审查核实证据的真实性、合法性和关联性。设立庭前证据交换的目的是为民事诉讼的公正和效率提供程序保障，其程序价值远大于实体意义。审前证据交换应当确立只交换程序性材料、澄清和固定争议、不涉及实体性审判的原则。只要在庭前证据交换中严格把握程序性原则，只进行程序性交换、核实，不进行证据的质证、认证，无论是由立案庭法官、书记员还是审判长主持，都是应该允许的。具体操作涉及到法院内部的分工，各级法院的实际情况不一样，要在这个原则下由各地法院具体掌握。
在一些法院实行证据交换制度的过程中，审判长不仅要交换证据，还要进一步对证据进行质证、认证，使得证据交换成为一种庭审准备或庭审。这种做法不仅不符合审前证据交换制度的宗旨，也不符合我国的审判组织形式。我国法院行使审判权的组织是合议庭，而不是法官个人，证据的质证和认证由合议庭全体成员共同进行。主持交换的法官即使是本案的审判长，也只能主持交换证据的程序性工作，证据的质证、认证只能在庭审中由合议庭共同进行。
关于证据交换的次数，由于证据种类和形式的不同，以及证据持有人对不同证据包括证据本身的认识不同，在诉讼实践中，对方提出的最初证据根本没有被反驳的情况是非常罕见的。所以法院在主持交换证据的时候，一次达到目的的案例并不多。为了平等保护诉讼权利，法院应组织两次证据交换。但为了防止当事人特别是被告利用多次交换证据拖延诉讼，需要限制证据数量，一般不超过两次，并且必须严格控制再次举证的时限。《若干规定》已在第40条中做了相应的规定。